孔令輝罕見現身，發福明顯至今未婚，曾被曝欠下巨額賭債銷聲匿跡

進入雅典奧運會周期，隨著桌球項目的變革，再加上王皓指導、馬琳指導以及王勵勤指導的崛起，孔令輝的競爭力下滑。在無緣出戰雅典奧運會男單項目之後，孔令輝在2006年就淡出賽場，成為中國桌球女隊的教練員。隨後，孔令輝又成為國乒女隊主教練。孔令輝執教國乒女隊期間，培養了多位優秀球員。像劉詩雯、丁寧、李曉霞等人都是孔令輝指導的弟子。中國女乒在倫敦奧運會以及里約奧運會上，拿到了女團以及女單冠軍，孔令輝指導功不可沒。